El 14 de mayo de 1899 en la casa del Dr. Ernesto Caprario, al lado del hoy Teatro Verdi, socios, jugadores y dirigentes de los clubes Uruguay Atlética Club con sede en la Unión y Montevideo Football Club los fusionan para crear el Club Nacional de Football, primer equipo criollo de América Latina,
Se reconoce en el nombre elegido y en los colores de la bandera de Artigas: camisa roja del poncho patrio, con cuello, bocamanga y cartera azules. Para la bandera se mantienen los colores y el diseño de la enseña tricolor del prócer.
Su primera cancha fue en Punta de las Carretas donde disputó el primer partido amistoso el 18 de junio de 1899 contra el Internacional.
En 1900 se crea The Uruguay Association Football League y Nacional recibe en usufructo el Gran Parque Central.
En 1901, la League acepta la incorporación de Nacional para disputar la Primera Copa Uruguaya cuando el club es invitado a integrarse a la liga Argentina. Se disipó transitoriamente la hostilidad hacia Nacional.
Los fundadores del club jamás pudieron imaginar la grandeza creciente de la institución fraguada a lo largo del siguiente siglo. Las simpatías populares se intensificaron desde el nacimiento de Nacional en cuna de pobreza franciscana porque estuvo identificado con la nacionalidad de un pueblo en gestación: rebelde y revoltoso, libertario y peleador, criollo y orgulloso.
En el primer torneo oficial de 1901, Nacional es vicecampeón. Los hermanos Céspedes se incorporan al club. En marzo de 1902 el equipo cambia su casaca por la blanca, con el bolsillo sobre el corazón cubierto por un escudo tricolor, porque la roja se desteñía. Ese mismo año es campeón uruguayo invicto. En 1903, otra vez campeón.
Las selecciones de Argentina y Uruguay se enfrentan por primera vez el 20 de julio de 1902. Uruguay, con 8 jugadores de Nacional y 3 del Albion, pierde por 6 a 0. El C.U.R.C.C. (Central Uruguay Railway Cricket Club), de Villa Peñarol de los ingleses del ferrocarril, da la espalda a la selección. La revancha se fija para el 13 de septiembre de 1903, en Buenos Aires. Nacional afronta el compromiso en lugar de la selección y gana 3 a 2. Nacional es Uruguay, Nacional es la Asociación, Nacional es la dignidad del país y de su gente. El mandato histórico de José Artigas ya ha empezado a cumplirse desde los albores de la Institución.
En 1904 comienza la última guerra civil. Se suspende el campeonato. La final del Campeonato de 1903 se fija para el 28 de julio de 1904, impuesta por los ingleses del CURCC. El equipo de Nacional está desmantelado, pero se completa a la hora del partido y gana 3 a 2. Es por segunda vez campeón invicto.
En 1905 la viruela se lleva a Carlos y Bolívar Céspedes y surge el origen mítico de Nacional: el club de los Céspedes.
Nacional, debilitado, pero con savia nueva, se fortalece desde 1912 con un conductor emblemático, José María Delgado, presidente de Nacional a los 27 años.
A partir de 1915, Nacional sólo acumula títulos. En sus filas, Héctor Scarone, el mejor jugador del mundo, reina por más de 15 años. En 1917 Nacional conquista la primer Copa Uruguaya en propiedad.
A fines de 1922, Central y Peñarol desobedecen el mandato de la Liga sobre torneos internacionales. Desde el 14 de noviembre de 1922 al 9 de octubre de 1925, Peñarol integra la Federación separatista, que no tiene afiliación legal.
Pese al cisma, el seleccionado de la Asociación es campeón sudamericano de 1923. Atilio Narancio, delegado de Nacional, había prometido que si eran campeones concurrirían a las Olimpíadas de París. Uruguay no tenía afiliación olímpica y la Asociación no tenía fondos. Narancio hipoteca su casa. Numa Pesquera, Presidente de Nacional desde 1923, firma un cheque en blanco. Nacional aporta 6 jugadores: Andrés Mazzali, Santos Urdinarán, Alfredo Zibechi, Héctor Scarone, Ángel Romano y Pascual Somma. Otros pasarían después a Nacional: Pedro Petrone, José Nazzasi, José Leandro Andrade y Pedro Cea.
La selección empieza una gira por España el 10 de abril de 1924. Gana los 9 partidos que disputa. El 9 de junio triunfa en París en la final de las Olimpíadas ante Suiza por 3 a 0. La CSF (Confederación Sudamericana de Fútbol), en 1941, fija el 9 de junio como el "Día del Fútbol Sudamericano". Los uruguayos recorren las cuatro tribunas del Estadio de París para saludar al público. Se inventa la vuelta olímpica.
El Uruguay de la Asociación y de Nacional gana el Sudamericano de 1924. Nacional es campeón ese año. Ahora hay 4 olímpicos en su delantera: Urdinarán, Scarone, Petrone y Romano. El mejor fútbol del mundo se expone en Nacional. La hostilidad hacia el club desde su nacimiento criollo se alimenta permanentemente: ahora, Nacional es campeón de todo en el país campeón mundial.
En 1925, el "laudo Serrato" termina con la escisión. En 1925 y 1926 no hay campeonatos uruguayos.
Durante 153 días de 1925 -de marzo a agosto- Nacional está en gira por Europa: 23 ciudades de Francia, Italia, España, Holanda, Checoslovaquia, Bélgica, Suiza, Austria y Portugal aplauden a la escuela uruguaya de fútbol. 38 partidos jugados, 26 ganados, 7 empatados, 5 perdidos. 130 goles a favor y 30 en contra. Es felicitado por el gobierno de la República
En 1927 la gira tricolor es por América del Norte y las Antillas: Estados Unidos, México y Cuba. 22 partidos jugados, 16 ganados, 2 empatados y 1 perdido. No se definieron 3 encuentros. 78 goles a favor, 24 en contra.
En 1928, Uruguay es otra vez Campeón Olímpico en Amsterdam. La FIFA no se conforma con asimilar la olimpíada con el campeonato mundial de fútbol. Concreta la iniciativa de dos dirigentes de Nacional, Roberto Espil y José Usera Bermúdez: organiza por primera vez el Campeonato Mundial en 1930, en Uruguay. Uruguay es campeón por tercera vez consecutiva.
En 1932 el fútbol se profesionaliza. En 1933 Nacional forma un equipo de estrellas: "La Máquina Blanca", antesala del Sudamericano de Lima de 1935, canto del cisne de los campeones olímpicos y mundiales. Los pañuelos al viento ya son el saludo distintivo de la hinchada tricolor.
En 1938 empieza a formarse el equipo que obtendrá el quinquenio de oro como campeón uruguayo cinco de 1939 a 1943. Uruguay es campeón sudamericano en 1942 y campeón mundial en Maracaná en 1950. En ese 1950 Nacional vuelve a ser como en 1924 el campeón en el país campeón mundial. Uruguay vuelve a ser el mejor en los Sudamericanos de 1956 y de 1959. En Guayaquil, en 1959, otra vez campeones con la base de jugadores de Nacional, como en las Olimpíadas de 1924 y en los Sudamericanos de 1923, 1924 y 1926.
La historia de las últimas décadas ha sido más difundida: Nacional es Campeón de la Copa Libertadores de América y Campeón Mundial Interclubes en 1971, 1980 y 1988 (Copa Toyota, en Tokio, 1980 y 1988) Es dos veces Campeón de la Copa Interamericana (1972 y 1989) y Campeón de la Recopa en 1989. Uruguay gana la Copa América en 1967, 1983, 1987 y 1995. Nacional es la institución deportiva más laureada en el ámbito internacional y 42 veces Campeón del Uruguay. Festejó los 100 años de vida el 14 de mayo de 1999. En la última decada, ganó los campeonatos uruguayos de 2000, 2001, 2002, 2005, 2005/2006 y 2008/2009 con una parcialidad que cubre todo el país.
